木里变种与原变种不同在于茎节较多，叶宽卵圆形至长圆状卵圆形，茎中部者不特别大，长2-2.5厘米，宽1.1-1.5厘米，花较小，长2-2.5厘米。
灰岩黄芩的叶子草质，下部者变小，近圆形，长宽约1厘米，上部者较大，宽卵圆形，长1.6-2.5厘米，宽1.4-2.2厘米，先端钝或圆形，基部浅心脏形，边缘有圆齿状锯齿。
灰岩黄芩的花冠深蓝色，长3.2-3.5（3.7）厘米，外密被具腺小疏柔毛，内面无毛；冠筒近基部前方囊状膨大呈膝曲状。
灰岩黄芩的茎直立，高15-20（25）厘米，四棱形，具四槽，具条纹，下部粗约2毫米，密被平展白色具节疏柔毛。