居间变种生于海拔2100-2500米的云南松林下。
灰岩黄芩的茎直立，高15-20（25）厘米，四棱形，具四槽，具条纹，下部粗约2毫米，密被平展白色具节疏柔毛。
灰岩黄芩的花期是6月。
灰岩黄芩的根茎匍匐，增粗，径达1.5厘米。