黑花茜草的叶无柄，4片轮生，坚纸质，阔椭圆形或近圆形，很少椭圆形或卵形，长1.5-3.5厘米，宽8-19毫米。叶片基部楔形、顶端钝或骤尖，边缘有微小倒生皮刺，基出脉通常有5条，两面均生有微小皮刺。
黑花茜草的茎直立或上部柔弱，不分枝或少分枝，方柱形，有4棱或狭翅，棱上有微小倒生皮刺，触之粗糙。
黑花茜草产于四川木里及云南中甸、大理、大姚、楚雄、景东、文山、广南。
黑花茜草的果实（未成熟）为小球形，直径约3毫米，干时黑色，单生或双生。