细毛巴戟的嫩枝疏被粒状细毛，老枝则近无毛，密具细纵棱，呈棕色至淡棕紫色，并多少木质化。
细毛巴戟的花期是5-6月，果熟期是10-11月。
细毛巴戟的聚花核果由3-5花发育而成，近球形，熟时红色，直径5-10毫米；核果具分核2-4；分核三棱形，外面具浅沟2，两侧面各具沟纹1。种子与分核同形，棕黑色，角质。
细毛巴戟的根部常不定位肠状缢缩，具肉质皮层，比巴戟天的根部肉质皮层薄。