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东北老鹳草的根茎短粗,直生或斜生,上部围以基生托叶,下部具束生稍肥厚纤维状根。
东北老鹳草的花期是7-8月,果期是8-9月。
东北老鹳草的萼片卵状椭圆形或长卵形,长7-8毫米,宽约3毫米,外被长糙毛和腺毛;花瓣紫红色,长为萼片的1.5倍,先端圆形、微凹,基部宽楔形,边缘具长糙毛。