东北老鹳草的根茎短粗，直生或斜生，上部围以基生托叶，下部具束生稍肥厚纤维状根。
东北老鹳草的蒴果长约2.5毫米，被短糙毛和腺毛。
东北老鹳草的叶片五角状肾圆形，基部心形，长5-8厘米，宽8-14厘米，掌状5-7深裂至叶片的2/3处。
东北老鹳草的花梗与总花梗相似，等于或短于花，直生或弯曲，果期劲直。