黑毛石斛的花瓣与萼片几乎等宽，萼片在背面的中肋不明显隆起，子房不为三棱形。
唇瓣淡黄色或白色，带橘红色的唇盘，长约2.5厘米，3裂；侧裂片围抱蕊柱，近倒卵形，前端边缘稍波状；中裂片近圆形或宽椭圆形，先端锐尖，边缘波状。
花开展，萼片和花瓣淡黄色或白色，相似，近等大，狭卵状长圆形，长2.5-3.4厘米，宽6-9毫米，先端渐尖，具5条脉。
花期4-5月。