甘肃黄芪的花萼管状，长7-9毫米，密被黑色柔毛，萼齿披针形或钻形，长2-3毫米。
甘肃黄芪的花冠是青紫色。
甘肃黄芪的旗瓣倒卵形，长14-15毫米，先端微凹，基部渐狭成瓣柄。
甘肃黄芪的种子是褐色，卵形。