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祁连山黄芪的旗瓣宽倒卵形，长10-11毫米，先端微凹，翼瓣与旗瓣近等长，瓣片长圆形，长约4毫米。
祁连山黄芪的花萼钟状，长约5毫米，萼筒带黑紫色，无毛，萼齿披针形，长约2毫米，内面被黑色柔毛。
祁连山黄芪的植株高度为20-30厘米。
