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线叶黑三棱的花序总状,长6-16厘米,雄性头状花序2-3 (-4) 个,雌性头状花序2-4个,互相远离,下部1-2个具细长的总花梗。
线叶黑三棱的外形近于矮黑三棱和线叶黑三棱,但前者叶片较宽,植株基部斜卧水中,或近于直立,雄性头状花序1个;后者花柱极短,或几无花柱等。
线叶黑三棱生于湖泊、沼泽、河沟等海拔1500米以上的高山水域中。