异色风轮菜，多年生草本，具匍匐纤细的根状茎。
茎上升，高20-40厘米，仅下部具分枝，分枝向上渐变短，茎及分枝钝四棱形，无槽，具细条纹，密被倒向灰白微柔毛。
叶通常狭卵圆形，有时卵状披针形，长（1.5)2 5厘米，宽（0.8)1.5-3厘米，先端钝或锐尖，基部近楔状渐狭至近圆形，边缘具锯齿或圆齿状锯齿，每侧有齿3-8，稍远离，膜质或近膜质，上面榄绿色，下面较淡，苍绿，上面全面、下面主沿各级脉上疏被小疏柔毛；
叶柄长0.5-2厘米，向上渐短，腹凹背凸，密被小疏柔毛。
轮伞花序6-12花，生于茎、枝上部叶腋内，开花时径达4厘米；
苞叶叶状，向上渐小，但均超过轮伞花序，苞片线状钻形，长5-7毫米，明显具肋，被白色长缘毛；
总梗长4-8毫米；
花梗纤细，长2-5毫米，与总梗、序轴均被微柔毛。
花萼狭管状，微弯，长约10毫米，13脉，外面沿脉上被白色刚毛，余部散布微小腺点，有时染紫红色，内面在喉部以上疏生刚毛，上唇齿，齿微外反，三角形，下唇2齿，齿直伸，钻形，齿均具芒尖。
花冠粉红色，有紫色斑纹，长1.5-2.0厘米，外面被微柔毛，内面在下唇下方具二列白色短柔毛，冠筒十分伸出，基部宽1.5毫米，自伸出部分向上渐扩大，至喉部宽达5毫米，冠檐二唇形，上唇直伸，先端微缺，下唇3裂，中裂片较大。
雄蕊4，前对较长，均延伸至上唇下，仅前对微露出，花药紫色，卵圆形，2室，室略叉开。
花柱微超出上唇片，先端不相等2浅裂，裂片扁平。
花盘平顶。
子房无毛。
小坚果圆卵形，光滑，暗栗色，直径约1.2毫米。
花期8-9月，果期9-10月。
